1588年，索南嘉措在蒙古地方圆寂。第二年，俺答汗的孙子苏密尔台吉的夫人生育了一个儿子，这个孩子很快便被蒙古封建主认定为是索南嘉措的转世。这里暂且不论三世达赖喇嘛转生在蒙古地区对格鲁派的影响，所要谈的是索南嘉措转生到俺答汗的家族，对土默特部政权的影响。

    索南嘉措作为格鲁派的领袖，具有格鲁派至高无上的权威，对于他的转世问题，一直被蒙古政权势力所瞩目。原本索南嘉措转世灵童的认定应由格鲁派的僧侣们进行，但是，当时蒙古土默特部的王公们却首先宣称与认定这个孩子就是索南嘉措的转世。1591年，那木歹扯力克彻辰汗亲自前去苏密尔台吉的驻地渴见这个孩子，并认定他就是索南嘉措的转世，将宗教领导权控制在自己家族之中，以扩大本家族和格鲁派的影响，来进一步维护、提高自身的地位。1592年，把这一灵童接到库库和屯城，将其扶上索南嘉措生前的法座，受到广大世俗首领和僧众的朝拜，察哈尔部的蒙古大汗也派来了特使，贡献礼品。索南嘉措转生于当时蒙古最为强大的俺答汗家族，进而将蒙古地区的世俗政权与宗教神权完美的结合在一起，将俺答汗的家系进一步神圣化，使土默特部在原有政治、军事、经济势力的基础上，又增加了精神信仰上的主宰权。宗教领袖诞生于世俗政权家族，可以进一步将世俗政权的统治者神圣化，有效地巩固世俗政权的统治地位。