经营性墓地使用权因其标的一一墓地的特殊性，其不是一般的财产，所以除了适用物权法的基本原则外，另还有特殊的适用原则:
(一)遵守公序良俗原则
墓地作为逝者身后安息之所、体现孝道的中国传统丧葬习俗文化的重要组成部分，其应当按照公序良俗的原则进行保护。经营性墓地使用权的权益包括使用价值以及财产性利益，同时还包括精神价值，强烈的人格利益。这都体现在墓地的用途中，比如安葬死者、供亲属悼念祭奠等。购买墓地等系列活动是比较切合中国传统伦理的民俗，与社会主义的道德价值也是相匹配的，也符合《民法总则》关于民事活动必须遵守公序良俗的规定。
(二)登记公示原则
经营性墓地使用权赖以存在的土地是国家拥有所有权的，而且在用地类型上是属于建设用地，因此经营性墓地使用权的获得以及转让，与商品房的取得、流转相类似，都应该采用登记公示制度，也就是以登记、公示作为必要条件。
(三)移风易俗节约用地原则
随着城镇建设加快步伐，以及人口老龄化的加剧，城市用地紧张形势必然会更加严峻，墓地资源更是稀缺，墓地的供应明显满足不了城市居民的需求。因此国家开始倡导“厚养薄葬、文明节俭、天人合一、生态环保”的新时代殡葬新理念、格调，以求转换传统上的形式隆重的殡葬风格，推崇现代节约理念的生态丧葬形式。移风易俗、节约土地资源等原则是经营性墓地使用权应该适用的原则，这是由经营性墓地使用权所依附的土地所有权决定的，同时也与国家殡葬改革的计划目标是一致的。