元代是历史上中国版图最大的时期，军事实力达至顶峰，保存蒙古旧制，实行民族分治政策。这时期墓葬制度也因民族不同而异。蒙元皇族的墓葬保持着蒙古族的特点，即深埋土葬、不起坟家、集中一地、藏地保密。此种葬法，一方面，尤为有利于防止盗陵;另一方面，也使得迄今为止，蒙元时期的蒙古人墓葬发现较少。成吉思汗于“乙丑，崩于萨里川哈老徒之行宫”，“寿六十六，葬起辈谷”，后又有13位皇帝葬于起辈谷，可见起辈谷为蒙元皇帝集中葬地，但至今无人知其方位。
与其他民族相比，蒙古人似乎更看重逝者的安息，墓地的严格保密使得墓地失去了祭祀功能，留下的是保护逝者遗骸的作用。但同时，正是由于这些深埋地、不起坟、严保密的措施，令盗墓者无所适从，这在历史上极为罕见。
同时，元朝亦对毁掘坟墓罪制定严格的刑罚，散见于各类刑事法规中。如《大元通制·盗贼》规定:“诸发家己开者同窃盗;开棺材者同强盗;毁尸骸者同伤人;仍于犯人家属征烧埋银。”“诸发家得财不伤尸，杖一百七，刺配。”“诸盗发诸王咐马坟寝者，不分首从，皆处死;看守禁地人，杖一百七，三分家产一分没官;同看守人，杖六十七。”“诸挟仇发家，盗弃其尸者，处死。”又如《大恶》中规定:“诸为人子孙，为首同他人盗发掘祖宗坟墓盗取财物者，以恶逆论;虽遇大赦原免，仍刺字，徒远方屯种。”可见元朝对于子孙盗自家祖坟，视为不可原谅，即便遇到大赦，仍需服刑。《元典章》对此更有详细规定:“子孙掘祖宗坟内财物，虽是自守，亦行没官。子孙发掘祖宗坟家f盗取财物，贷卖莹地，验所犯轻重断罪。移弃尸骸不为祭礼，同恶逆结案。买地人知情减犯人罪二等，不知情临事详决。”
元代亦有留坟卖地的规定。皇庆二年三月十八日，中书省钦奉圣旨:“百姓每的子孙每将祖上的坟莹并树木卖与人的也有，更掘了骨殖将坟莹卖与人的也有。今后卖的买的并牙人海根底要罪过，行文书禁断者。”