惩治恐怖主义国际合作的良好运行，离不开有效的组织保障。首先，联合国在全球反恐合作中居于中心地位，各成员国定期在联合国大会、安全理事会以及各专门机构框架内就预防与打击恐怖主义犯罪的互助协作等问题进行讨论与协商。1999年联合国通过了安理会反恐工作战略准则1269号决议，2000年联合国安理会颁布了关于打击恐怖主义的主席声明，安理会多年来不断重申，必须根据《联合国宪章》所赋予的职权来采取相应措施打击恐怖主义，不断推进国际反恐合作的进程。“，‘其次，国际刑警组织在世界反恐警务中发挥着重要作用。

    国际刑警组织的前身是1923年组建于维也纳的国际刑事警察委员会，致力于在各国法律和《世界人权宣言》框架内向各国刑事警察部门提供协助并促进各国刑事警察部门的相互合作，截至2014年3月，国际刑警组织已经拥有了190个国家的警察成员单位。9 " 11事件引发了国际刑警组织反恐战略的重大调整，制定了一系列专门针对反恐的新政策，并重新组建了总部与各成员单位警察机关之间的联系，在国际刑警组织现行的基于1998年制定的《打击国际恐怖主义合作新纲领》的反恐政策中，强调国际刑警组织应当在刑事法律框架内行动，而不应当从事政治、军事、宗教、种族歧视等性质的事务，因此国际刑警组织对恐怖事件细分为不同层面，只有涉及刑事层面的才需要由警方介入调查。2017年9月，国际刑警组织第86届全体大会在北京召开，深入探讨了当前面临的全球安全威胁及打击恐怖主义犯罪的策略、方法等问题，在成员国间达成了广泛的共识。214再次，区域性警务合作组织的积极构建为国际反恐合作提供了有效组织保障，最具代表性的是欧洲警察组织。欧洲各国警察机构早在1975年就成立了反恐合作特莱维小组(TREVI Group，致力于打击恐怖主义、激进主义、极端主义和国际暴力，互助协作机构间就恐怖组织活动问题、警察组织的培训问题等进行情报信心的交流，特别强调进行反恐行动的战略协调，加强欧洲各国的反恐合作。“‘5特莱维小组后来被欧洲刑警组织所取代，欧洲刑警组织以欧盟为载体，接受欧盟管理机构的监管，具有正式法律地位，具备完整的组织体系和行动部门。近些年来，欧洲警察组织以欧盟恐怖主义犯罪的发展形势为关注重点，并将对宗教极端组织的打击与防控作为欧洲反恐重点，这与伊斯兰极端组织在欧洲活动频繁、宗教极端主义事件不断爆发息息相关。