冯从吾的佛学观，主要是通过儒佛之辨表现出来的。其辨儒佛的一个突出特点，就是始终抓住其根本和宗旨，不在枝节上纠缠。无论辨“心性”、辨“性体”，皆不离与“理”的关系这一核心和根本。故毕愚康说:“其于本也，弘大而辟深;其于宗也，调适而上遂矣。冯从吾的儒佛之辨及其对佛教思想的理解，固然有时也能抓住其要害，但勿庸讳言，其缺陷和不足也是显而易见的。它表现在:

    首先，其批判佛教的严正立场，背离了宋明时期三教合一的基本潮流。唐宋以后，三教合一是基本的趋势，虽然三教仍各立门户，但思想上的相融互补已不可逆转。打通儒释，援儒人佛，是当时一个基本的趋势。金元之际的全真道即高举“三教合一”的旗帜，王重阳谓“三教从来一祖风。宋代佛教高僧契篙主张三教“心则一，其迹则异”。孤山智圆也说儒释“共为表里”。理学家们虽一面吸收佛教，但是却又高喊“辟佛”。不过朱熹虽然反佛，有时也能客观地评价佛教，如说:“盖佛氏勇猛精进，清净坚固之说，犹足以使人淡泊有守，不为外物所移也。王阳明曾对异端邪说的横行表现出深度的忧虑，其所说“异端”也包括佛老。然其学说事实上受到禅学极大的影响，故常被后儒戏为“阳明禅”。与先贤不同的是，冯从吾对佛教采取了极力排拒的态度，认为佛教是“异端”之最甚者:“何谓异端之学?佛老是也，而佛氏为甚。”工以解录助甚至称“佛法”“皆邪教也”。在《辨学录》中，对佛教除了批判和贬抑，几无肯定之处，并旗帜鲜明地说:“佛老是距，邹鲁吾师。”对于因时代原因儒学不免吸收佛教的情况，冯从吾也给予了有力的批评，说这是“混佛于儒，蹈三教归一之弊”。为了正儒学，采取如此偏激的态度，似有失公允。

    其次，缺乏对佛教思想和精神的准确把握。作为正统的理学家，在批判佛老的理学学术氛围中成长的冯从吾，不像周、程、张、朱等人那样有过“出人佛老而后归之六经”的心路历程，所以没有也不可能有对佛教的深入了解，这样对佛教思想和精神的把握就难免有偏差。例如:佛教所说的“心”是很复杂的概念，其含义既有一个演变的历程，在不同的佛僧或佛教流派那里也有不同的理解，如其“心”有时指主体意识，如天台宗、华严宗;有时指个人的心，即自我意识，如禅宗(南宗)。华严宗说“心是尘因，尘是心缘”，此“心”则是以主体意识为宇宙之本体。禅宗说“心生种种法生，心灭种种法灭”，此则将个人的心上升为宇宙最高的本体。但冯从吾则把佛教的“心”说成是与“道心”相对立的“人心”，又把此“人心”同于“人欲”，这就有失简单和笼统了。又如关于“性”的问题，这也本是一个更为复杂的问题，即使在佛教中也不可一概而论。佛教或指清净佛性“圆明体”，或认“性具善恶”，有时又讲“三自性”(“遍计执性”、“依他起性”、“圆成实性”)，等等。从竺道生以至禅宗六祖慧能，尝把人性与佛性贯通，认为人性即佛性，故人人皆有佛性，佛性与善的道德性是相通的。而冯从吾则简单地认为吾儒之所谓性，是义理之性;佛教所见之性，是气质之性。从“气质之性”上说，是“专以能知觉运动”而言，此与告子的“生之谓性之性”相通，而丢了“理”这个本体。这就说得过分了。即使按照正统儒家的说法，性只有一个，即义理之性，气质是理之载体，气质作为情才，是可善可恶的，这还要看后天之习行，不能一概视气质为恶。正如黄宗羲在《明儒学案》中评论的:“先生之意，以喜怒哀乐视听言动为虚位，以道心行之，则义理之性在其中，以人心行之，则气质之性在其中。若真有两性对峙者，反将孟子性善之论，堕于人为一边。先生救世苦心，太将气质说坏耳。.黄宗羲所言“救世苦心”、“太将气质说坏”的评说，真是一针见血之论。又如，佛教是反对“欲”的，包括贪欲、淫欲等种种物质之欲，并将其说成是“障”或“碍”，强调破除种种贪欲而保持“三业清静”或“自性清净”。冯从吾却说佛教是“认欲字为性”，其与儒学之差别在于崇“欲”，这种说法不仅不合适，甚而说错了。又如，他总是说佛教离“理”而言性，其实他不了解理学家所说的“理”，本来就出自华严宗所说的“理法界”或“一真法界”，佛教并未完全离开“理”(本体)而言心言性。从这里也可看出，冯从吾的儒佛之辨所反映出的对佛教的认识，缺乏对佛教思想及其内在精神的准确把握，其反佛在一定程度上有失于理论的针对性。