既然认为佛教是离理而从“人欲”上言“心”，故佛教的“明心见性”也就在根本上走偏了。他指出，“吾儒日尽心知性，释亦日明心见性，若相同而实相远。”孟子讲“尽心知性”，所尽之心，乃道德本心;所知之性，乃人之本性，即天德良知。佛教所说的性，则是从“气质之性”上说的，从“专以能知觉运动”而言的，即就“人欲”而言的。在冯从吾看来，释氏所说与告子的“生之谓性之性”相通，而丢了理这个本体。故其所明之心，乃是“人心”;所尽之“性”，乃是丢掉了“理”的“知觉”之性。因为释氏脱离了理，脱离了心中的“一点灵明”，亦即脱离了心中之“良知”，就“与吾儒论心性处全不相干”了，故他说:“佛氏惟以能知觉运动的这个言，虽说出离生死，其实全落在生死上。说不论道理，不论功夫，只是空空的任这一点灵明随他气质情欲作用耳。也就是说，佛教由于只讲气质之性，于是“言气质则遗理”。因“佛氏原认欲字为性”，故“无善”。有趣的是，佛以“知觉运动”说性，却又于“性”字上添一“真”字，称“真性”，对此，冯从吾说:“若日这个知觉运动的性是真，则那个仁义礼智的性是伪，不待言矣。”这样，佛教实际上就是“言气质之性、嗜欲之性，而非言义理之性也”。从佛教“丢过理而专以生为性，专以食色为性”，就可知“佛氏之言性与吾儒之言性”，其差“毫厘而千里也”。总之，“以理为障，以善为无，此佛氏之言心性也。”在他看来，佛教舍理而言心言性，否定了人性皆善这个根本，其所说心性，是离理而言心，从欲上而论性，这样从根本上就与儒家心性说相异。可以看出，冯从吾在批判佛教时，始终不失严正的理学立场。