净源从华严教义理论的构建角度上，将对华严教义影响最大的五个人:杜顺、智俨、法藏、澄观、宗密立作华严宗五祖。当然净源以华严宗正统自居，其选择是有自己的立场的。

    华严学在历史上有过不同思想，如法藏的首座弟子慧苑，在法藏示寂后，续写了法藏未完成的对新译《八十华严》所作的疏《华严经略疏》，但其所述与法藏的旨意有出入，因而被贬为异说。其后澄观以恢复华严正统思想为己任，在所著《华严经疏》和《随疏演义钞》中力破慧苑的异说，弘扬法藏的教义。尊崇澄观的净源自然将慧苑排斥在外。还有唐代的华严学者李通玄，他的学说有不少独创的见解，在法藏、澄观等华严宗师的著述之外别树一帜。他以《周易》解《华严》的独特创造为华严经学的研究提供了新的思路，对后世影响颇大;他以三圣一体解释佛菩萨的关系亦对澄观的“三圣圆融”说有很大启发。南唐938年，李通玄的著作《新华严经论》获准入藏，使他成为以义理著作被编入《大藏经》的中国本土佛教,想家第一人。即便如此，因李通玄不属法藏、澄观思想系统，宋代华严宗人对他很少提及。

    二是“华严七祖”说。净源在《华严妄尽还原观疏钞补解》中说:

    斯盖帝心冥抉起信，集三重法界于前，贤首显用论文，述六门还源于后。推是言之，以马鸣大士为吾宗初祖，其谁谓之不然。

    这句话明显表明了净源的思想倾向。他认为从杜顺以来，即或明或暗地引据《大乘起信论》而立观门，由此而推，理应在华严宗传承上将初祖追溯至印度造《大乘起性论》的马鸣菩萨。

    对此《慧因寺志。宋杭州南山慧因教院晋水法师碑》亦有记载:

    圆融一宗，经观论章与其疏记钞解，凡数百万言。名义既多，科条亦博，有终身不能卒业者。故近世总持者，罕能该遍。讲《杂华》者则曰清凉教，讲《圆觉》者则曰圭峰教。宗途离析，未有统记。法师于是推原其本，则教宗虽始于贤首，法义实出于《起信》。乃以马鸣大士为始祖，龙树、帝心、云华、贤首、清凉、圭峰以次列之。七祖既立，由是贤首宗裔皆出一本。

    根据材料可知，净源基于“宗途离析，未有统记”的状况，推根迎源，则“教宗虽始于贤首，法义实出于《起信》”。于是以马鸣大士为始祖，龙树、帝心、云华、贤首、清凉、圭峰以次列之，而成华严“七祖”说。