“菩提心”在心理治疗中的一个最基本的应用便是“共情”。罗洛·梅在一次题为“受伤的治愈者”的演讲(1984)中曾指出:我们是通过自身的伤口来医治他人的……正是通过我们与自身问题的斗争而获得的洞察，引导我们发展出对人类的共情和创造性—以及慈悲。同样地，徐光兴(2013)也认为心理学中的“共情”(empathy)与“慈悲”有共通之处。他认为，“慈悲心”的本质并不是怜悯者与被怜悯者之间的上下关系，而是一种平等的关系，而是在共同的痛苦经验上建立起来的，施予他人的同时也是在施予自己，对他人的慈悲同时也是对自己的慈悲。可以说，在“慈悲心”基础上建立起来的“共情”，是一种建立于在意识层面上对来访者最深切地认识的基础上的“共情”。这种认识不仅仅是建立于“无我”与“同体”的自我观之上，还包括对来访者的“阴影”以及人性之“恶”的理解。而在此“慈悲心”基础上产生的“共情”，才能使来访者卸下防御，从而与来访者建立心灵交流的桥梁。所以，在治疗师的“慈悲心”面前，一切“阴影”与“恶”都是可以面对的、被接纳的、被抱持的。而也只有在这样的“面对”、“接纳”与“抱持”之中，治疗师才能为来访者创造出一个安全而受保护的空间，并和来访者在这一空间中建立起治疗联盟，从而使来访者获得转化以及治愈。

    除了“共情”这一点，“慈心禅”也可以看做是“菩提心”的理念在心理治疗中的一个运用。曾祥龙、刘双阳和刘翔平(2013)对慈心禅有较详尽的研究。在佛教中，“慈”、“悲”、“喜”、“舍”被认为是“四无量心”，是面对一切众生的四种态度。“慈”，是指对一切众生的无条件与无差别的善意，且不受亲疏分别或利益关系的影响;“悲”代表悲悯，既包括对他人的，也包括对自己的;“喜”，是为一切众生的快乐或成功感到喜悦;“舍”，表示保持不带执著的接纳与内在的安宁。“慈心禅”可以理解为，以“慈悲”为基础，逐渐提升到“喜”与“舍”的境界。“慈心禅”是佛教中“止禅”的一种，其练习方法是将注意指向和维持于某一特定对象，以训练注意的专注并暂时止息内心烦扰的过程，和专注呼吸的禅修相似。实证研究结果显示，“慈心禅”训练能够提高积极情绪体验，缓解消极情绪反应，能有效提高自我同情和对他人的共情能力。所以，可以说“慈心禅”是一种以“菩提心”为基础的可应用在心理治疗之中的可操作方法。同时，治疗师本身也可以通过练习“慈心禅”来提高自身的觉察及共情能力。而心理治疗从业者们需要认识到的是，无论是以自我提升的目的来练习“慈心禅”，还是对来访者施以“慈心禅”，其源头都是“慈爱”与“悲悯”。而需要从业者们以“慈爱”和“悲悯”来面对的，正是“阴影”与“恶”，既包括来访者的，也包括治疗师自身的，甚至还有社会与文化中的。