北魏前期的莫高窟，因受到当时政治形势的影响，发展曾受到一定程度的限制。北魏太延五年(439)，北魏攻破北凉都城张掖，标志着中国北方的统一，然敦煌仍被北凉残余势力占领着，直至公元444年，北魏政府将再度占据敦煌的西凉后裔李宝召至京师平城，敦煌才正式归入北魏版图。为了加强对敦煌的控制，保护丝绸之路的顺畅，北魏在敦煌设镇，并且派兵进攻龟兹等西域国家，以巩固对敦煌及西域的控制。但是，之后崛起于漠北的柔然在西域取得优势，北魏有所后退，而西南面的吐谷浑也欲称霸西域，敦煌介于两强之间，时遭侵扰。公元474年，北魏朝中屡次有人建议放弃敦煌，只有给事中韩秀站出来反对，他申明厉害，才使得敦煌镇继续地存在。五世纪八九十年代，高车兴起，与北魏联手，击破柔然，敦煌的形势才安定下来。

    此外，胡戟先生认为，影响北魏前期莫高窟发展的因素还有两点:1、北魏灭北凉后，迁徙沮渠牧键宗族及官员百姓三万户到平城，“沙门佛事皆俱东。”2、太武帝拓跋熹灭佛，敦煌莫高窟亦不可能有大规模的兴建。

    为了加强敦煌镇的守备，大约在公元485年，北魏政府在敦煌设置都大将，曾经以穆亮拜都大将，镇守敦煌。公元524年，北魏将敦煌镇改为瓜州。第二年，北魏宗室元荣担任瓜州刺史。北魏分裂后，敦煌属于西魏，西魏仍以元荣为瓜州刺史。北周代西魏后，仍在敦煌设瓜州，曾以建平公于义为瓜州刺史。上述提到的敦煌镇都大将穆亮、瓜州刺史元荣、于义等几位皆是来自中原的敦煌地方大员，都尊奉佛教。元荣、于义等不但大兴佛事，还亲自出资在莫高窟修窟造像。以致使“合州黎庶，造作相仍”，莫高窟的开窟造像活动，日渐趋于兴盛。据史苇湘先生的《敦煌莫高窟内容总录》统计，北魏时期开凿的洞窟总共有8个:即第251, 254, 257,259, 260, 263, 265, 487窟，洞窟造型有“人”字坡顶和中心塔柱的“支提”窟.壁画的内容除本生故事外，大多以千佛画为主要题材。西魏时，总共开凿了洞窟10个:即第246, 247, 248, 249, 285, 286, 288, 431, 435, 437窟。这一时期洞窟的形制、绘画雕塑风格融入了中原内地深受南朝文化影响的佛教艺术特色。北周的石窟共有15个:即第250, 290, 294, 296, 297, 298, 299, 301, 428, 430,438, 439, 440, 442, 461窟。北周现存的洞窟，体现着由西魏到隋代开皇年间洞窟的过渡。从内容上看，壁画中首次出现了《须阁提品》、《善事太子入海品》等内容，这些讲孝子贤孙和善兄恶弟的故事画恰好是北周武帝复兴古制、重视儒术、沙汰释道的一种反映，表明传统的孝梯观念与佛教的关系.总之，北朝时期敦煌莫高窟的营建，在北魏前期由于受到多种因素的影响与制约，发展缓慢;但在北魏进入西魏和北周代西魏的政权更替时期，在北魏东阳王元荣、建平公于义等的带动下，莫高窟的修窟造像活动，日渐兴盛，进入了又一个营建高潮。