由于遗体火化档案与安放(葬)类档案各自具有不同特点，殡葬档案的保管期限相对复杂，无法做到“一刀切”。按照《办法》的要求，遗体火化档案的保管期限为50年，自遗体火化后次年的1月1日起开始计算。
与遗体火化具有即时性不同，公墓经营的长期性和业务的特殊性决定了公墓业务档案的保管期限很难用标时制直接作出规定。鉴于农村公益性公墓存在明显的例外特征，本《办法》主要针对城市经营性公墓作出规定。根据《公墓管理暂行办法》的规定，经营性公墓的墓穴管理费一次性收取最长不得超过20年。1998年出台的《民政部关于进一步加强公墓管理的意见》规定:墓地和骨灰存放格位的使用年限原则上以20年为一个周期。但目前对于“墓穴管理费”的性质如何确定还存在争议，对于“使用”周期的次数也没有限制，“使用”完毕后，墓地、骨灰怎么处理等后续事宜都尚无规定。这使得遗体安葬和骨灰安放(葬)档案的保管期限主要难在起算点和期限何时届满两个方面。
一是起算点的问题。《办法》规定，遗体安葬档案和骨灰安放(葬)档案的保管期限应当自初次签订安放(葬)合同之日起开始计算。曾有一种观点认为应当从合同终止后才开始归档，计算保管期限。我们认为这种观点是不妥的。因为不同安放(葬)合同的履行期限各不相同，有可能是20年甚至更长，如果都从合同终止后方开始归档，将会形成同一个归档年度，不同的安葬日期，殡葬档案目录封面和条目内容无法对应，不方便查阅。其次，由于合同履行时间往往较长，如果之前一直不算作档案归档，势必造成安放(葬)类档案在业务部门长期大量积压，不利于档案的安全妥善保管。此外，参考《归档文件整理规则》中有关文书档案的相关理论，文件材料“办理完毕”就可以归档。所谓“办理完毕”是指文件相应的文书处理程序已经完成，而不论文件本身在实际工作中是否还在发挥作用，是否还需要贯彻执行。安放(葬)类档案也可以适用同样的理论。合同(协议)签订后，双方形成契约共识，不论该合同(协议)是否还需要履行，都应算作是相关手续已经办理完毕，应当按照相关规定整理归档。
二是保管期限何时截止的问题。由于每个墓穴(格位)的使用周期和时间长短各不相同，而且国家目前对过期未续费的墓地、骨灰如何处理尚无规定，档案的保管期限以及期满后档案如何处理也需要谨慎对待。实践操作中，由于各种原因，墓地(格位)到期未续费的情形并不少见。但殡葬服务单位并不能由此断定丧属将永远不续费，尤其是在丧事承办人没有留下身份证明或者变更联系方式的情况下。对此，《办法》认为，安放(葬)类档案的保管期限应当覆盖从初次签订协议到协议终止这段期间，并为妥善起见，在终止后再加zo年，即:遗体安葬档案和骨灰安放(葬)档案的保管期限为自初次签订安放(葬)合同之日起，至续签的最后一份安放(葬)合同或者协议终止后zo年。但是至于是否终止、何时终止，则留给殡葬服务单位自己判断。有观点认为，可以将安放(葬)类档案的保管期限直接定为永久，但我们认为那多是由于这类档案的保管期限相对难以确定而采取的无奈之举。从档案价值角度考虑，这类档案并不都具备永久的保存价值。若都定为永久保存，还将对殡葬服务单位或者相关国家综合档案馆造成不必要的负担，因此《办法》没有简单地将保管期限定为永久，而是几经斟酌，探索出一种可以确定安放(葬)类档案保管期限的方式。