明清时期，可以说是赣南风水的鼎盛期。一方面源于封建社会统治阶层引领的国家行为，赣南风水受到朝廷的高度关注及肯定。以兴国县三僚村风水师廖均卿、曾从政为明成祖相度长陵为始，三僚人共有八人分别为明清两朝皇帝看风水，使得江西形法派风水术成为风水术最为重要的流派，对赣南风水师群体的发展起到很好的宣传及推广作用;另一方面源于民间行为参与。陈进国指出，中国风水在明清之际经历了一个民俗化与仪式化的过程。
这时的风水活动在赣南客家地区已蔚然成俗，风水观念深刻、广泛地体现于赣南百姓生活的方方面面，并形成影响深远的民间风水信仰。与此同时，有关民间风水活动的种种叙述也逐渐丰富，如赣南地区盛行颇久的二次葬葬俗，就因风水术的传播而愈演愈烈，早在明清时期就受到地方官员与儒家学者的高度重视。《江西通志·府志》记载:“刘昌柞，武进人，由乡贡知零都，操履清白。邑俗溺风水，有停丧数十年不举者，毕葬。又剪除上吉乡剧盗高魁一等，四境宁。”又《皇朝文献通考》记载“江西按察使张师载奏言…凡父母葬后一二年，辄将骸骨起出刮洗，验其红黑色，以定地之吉凶，名曰洗筋，或曰检筋。红则仍行掩埋，黑则改葬别地，逾年仍行掘验。”同时，风水信仰也对赣南民众生产活动产生影响。这一时期，各类民间重要仪式中都与风水产生关联，有关塔庙、祠堂等引发的风水活动也屡载于地方史志。除此之外，在明清时期的赣南地区，风水也关系着一方官员、精英与民众等多方力量之间的平衡，如遍布赣南各地的文峰塔，就是当地对文教昌盛、广出人才、光宗耀祖的一种祈求。