在梅列日科夫斯基的眼中，彼得一世虽然独裁、残忍，但他的许多行为都类似于尼采笔下的“超人”，而且在梅氏看来这位“超人”的出现又带有很多的矛盾性和未解的疑惑，为了更突出其所谓“反基督”的形象，梅列日科夫斯基在作品中不惜笔墨地描写出与彼得一世相对立的另一个角色一一皇太子阿列克赛，保守的东正教的信徒。二者的对立与冲突首先构成了整部作品最主要的象征结构，即梅氏本人所说的上帝的宗教与人间的宗教、基督教与多神教之间的关系。相对于锐意改革、打破一切旧有秩序的彼得一世，他的儿子阿列克赛则对一切传统规则抱有浓厚的依恋，是俄罗斯东正教的忠实代表。梅列日科夫斯基特意将其故事锁定在皇太子生命的最后三年，也就是他与自己的父亲矛盾最为激烈的时间段，在剧烈的矛盾冲突中，掘二者所代表的不同宗教精神之间的深刻对立。在全书的第一章“彼得堡的维纳斯”当中，面对彼得一世不远万里从罗马运来的雕塑，并且将6月26日定为维纳斯节时，阿列克赛表现的时而愤怒、时而恐惧，这些巨大的古罗马雕塑在阿列克赛和保守派的眼中就是“白色魔鬼”，而彼得一世在他们看来就是一个“用偶像取代圣像，用圣像创造偶像”①的始作者。彼得狂热的崇拜古希腊的多神教，并认为俄国教会只会编造关于奇迹的骗人假话。在描述彼得的同时，作品中反复提到了“火”的意象，这一意象也是作者用来表现彼得一世摧毁一切宗教体系的象征性元素，代表着彼得一世毁灭一切旧有宗教秩序的决心。在作品中，“焰火”成了彼得的最爱，“无数颗焰火呼啸着腾空而起，像是一捆捆火的谷穗，直奔天际，在黑暗的天空中散开红蓝绿紫等各种颜色的星星，缓缓地下降，消失”。灿烂夺目的焰火，将彼得本人和古希腊神怪的形象展示在漆黑的天际，这种象征意义可谓是再直白不过了，伴随着焰火的升空和熄灭，彼得手中的圣像在他看来成为可以被科学原理所解答的愚昧无知的象征。由此，梅列日科夫斯基借助古希腊神话和《圣经》中关于“基督与反基督”(创造者和破坏者)的言说将彼得一世既残暴、独断专权，同时又崇尚理性和科学精神的个性特征清晰地描绘出来。而彼得与阿列克赛这一对带有典型二元对立结构的人物设置，则成为理性与信仰、有力与软弱、肉体与灵魂的象征。

    与此同时，不论是皇太子阿列克赛还是彼得一世本人，又同时陷在精神矛盾的自我对立与冲突之中。在长老们的眼中，在平民百姓们的眼中，甚至在前任沙皇的寡妻玛尔法·阿列克塞耶维奇的眼中，彼得一世己经不是真正的沙皇，大家认为他是犹太人，是冒牌货，是上帝的罪人，而阿列克赛则成为保守派的精神依靠，大家将恢复旧教的希望寄托在阿列克赛的身上，认为只有他才能带领大家回到真正上帝的王国。但在熟悉阿列克赛的人眼中，例如作品中通过皇妃宫廷女官阿伦海姆的日记中反映出，阿里克赛是一个“最猜不透的人”。他总是以两种自相矛盾的形象出现在切近人的身边，当他喝酒之后就会变得狂躁，甚至殴打自己的妻子，“当他没有喝酒的时候，总是关起门来，坐在屋子里读他的古书和抄本;据说是在研究世界史、神学，不仅是俄国的，而且也有天主教的和新教的……”对东正教的绝对信仰与自身的软弱逃避形成了阿列克赛的矛盾对立的性格特征，这样的描写也正代表着作者对传统基督教会的看法，它重视信仰、肯定圣灵，但行为方式落后而懦弱，根本无法担负起改变俄国社会的命运。另一方面，彼得一世的性格中也出现水火不容的两个极端，“他的天性是火和水。他爱它们，也爱它们所产生的物质:水一一和鱼，火一一和中世纪的火怪”。这里的“火”象征着彼得与所有俄国传统信仰之间的决裂，“水”则象征着航海，代表彼得将反基督的、多神的、人间的、肉体的信仰带到曾经封闭的俄罗斯。但对于彼得的这种力量在作者看来也充满了两极性一一神的力量和魔鬼的力量，在梅列日科夫斯基看来，彼得的社会改革的实质就是宗教改革，他在改变一切俄国社会原有行为规则的同时，更为内在地改变了俄国人信仰上帝的态度。面对现实中的抉择，是承袭历史教会的禁欲主义，还是引进古希腊多神教的宗教信仰，哪一种选择对俄国更有价值，成为贯穿《基督与反基督》三部曲的基本思想。