宗教团体通过主管部门的设立认证并在住所地的法务局登记后，即获得法人资格，相应的名称也改为宗教法人。宗教团体只有设立认证这一阶段;而宗教法人却有变更、解散认证这两个阶段。无论是设立认证还是变更、解散认证在程序上都差不多，只是在期限上有细微的差别。简单地说宗教团体、法人认证的程序，就分为两个步骤。一是宗教团体、法人内部的程序;二是完成内部程序后，向主管部门申请认证及主管部门进行认证的外部程序。

1.内部程序

    如果是设立认证的话，召开发起人会议，会议通过设立宗教法人的决议。既然是由宗教团体申请设立为宗教法人，发起人应该是宗教团体的骨干成员。此处的发起人会议不需要像设立公司那样制定章程，其内部章程在宗教团体成立后应该就存在了。当然成立该宗教团体的目的是为了过渡到宗教法人的话，它起初制定的内部章程就应该是按照《宗教法人法》的要求制定的。如果是进行变更认证，即变更内部章程或合并的话，负责人会议需要就所变更的事项通过决议，该决议不是平常的过半数通过而是三分之二以上通过。除此之外，一般还需要信徒代表大会和信徒大会的三分之二以上成员通过才行。当出现解散的事由时，也需要负责人会议作出解散的决议。

    接下来是公告，至少在申请进行设立认证时的一个月前，将设立宗教法人的相关事项及该内部章程的要旨公知于众。若是进行变更认证，则在申请进行变更认证的两个月前，将变更事项告知信徒和利害关系人。变更内部章程时，需要将变更后的章程公之于众;宗教法人合并时需要将合并后制定的新的内部章程公之于众。债权人对合并持有异议，欲合并的宗教法人必须在公告之日起不少于两个月的一定期限内，向债权人公布陈述这些意愿的内容。如果信徒和其他有利害关系的人对解散有意见，必须在公告之日起不少于两个月的一定期限内，向其做出陈述解散宗旨的公告。

2.外部程序

    在完成上述公告且无异议的情况下，宗教团体、法人即可向主要事务所所在地的主管部门申请认证，主管部门审查提交的材料是否齐备后就受理了宗教团体、法人的认证申请。在受理后三个月(爱知县是45日)内主管部门必须做出认证或不予认证的决定。但在实践中，并不是申请后就立马受理，有一段时间差，该时间差法律没有明确规定，往往就成了主管部门行使自由裁量权的好地方，认证申请好几个月后还没有受理的事情时常发生。主管部门作出不予认证的决定之前，特别当主管部门是文部科学大臣时，必须听取宗教法人审议会的意见;地方主管部门也可以通过文部科学大臣听取宗教法人审议会的意见。主管部门在作出不予认证的决定前，应该给予该宗教团体、法人解释陈述的机会，在作出陈述解释后依然不予认证的话，需要将附有不予认证事由的书面材料寄给该宗教团体、法人。该宗教团体、法人不服主管部门的不予认证的决定时，可依《行政程序法》对主管部门提起行政诉讼。