宗教团体为了获得法人资格，必须进行认证。认证即通过审查宗教团体的内部章程是否符合法律的规定以达到确认其合法性的官方行为。主管部门对想要获取法人资格的宗教团体提出的申请，在什么范围内、在何种程度上、进行怎样的审查、一直存在争议。大体有形式审查和实质审查两种说法。形式审查主义即限于审查用的文件，如申请书、附加文书、登记簿等一定的书面材料，根据法定书面材料认定出的事实关系，作出基本的妥当的法律判断。与此相对，实质审查，即在对审查材料没有制约的审判程序中，对事实进行认证，除了必要的书证外，还可出进行像询问证人、鉴定真伪等证据调查，从而形成心证;还可以在有限的范围内依职权进行证据调查。

    在司法判断中，大多采用形式审查主义。例如，在围绕《宗教法人法》第14条规定了主管部门的审查义务范围这一问题上，主管部门依据对该宗教团体没有代表权限者的申请，对该宗教团体作出了认证。据此，有相对人主张该认证无效，并提起了请求确认认证无效的诉讼。东京地方法院认为:《宗教法人法》第14条只赋予了主管部门决定是否进行认证的义务，即当宗教团体申请内部章程认证时，仅审查其章程及附加文书，只对是否符合申请要件进行审查，而没有赋予超越该范围的审查义务。而，日本最高法院在宗教团体请求撤销行政处分一案中，原则上采用了形式审查主义，但对待证事项存有疑问时，例外地要求申请人就疑问之处向主管部门进行了解释说明，即认可了实质审查主义的存在。

    在《都道府县宗教法人事务所管部长及文部省宗务课长的通知》中，援引了最高法院的判决要旨即以形式审查主义为原则，以实质审查主义为例外，后来成为了主管部门对宗教法人进行认证的审查基准。结合宪法中宗教自由、结社自由及直至采用认证主义的宗教立法的历史经纬，采用形式审查主义是合理的、恰当的;对于明显虚假、错误、存有疑义的事项进行实质审查并不意味着主管部门超越了权限，滥用了职权。上述《通知》所考虑的是:尽可能地采用形式审查主义是对宗教法人自治、自律性的尊重，也能够将主管部门的介入限定在最小限度内。