也就是说，仔细观察法相唯识宗的思想，就会发现它是针对这种污秽的意识在流转。除非去除洪流，才能够彻底澄清它，把它转变做清流。从那向下意识的转灭部分把它提升起来，变做精神意识的状态，然后再靠上宇宙的精神本体—真如。也就是从根源的意识状态中，把它彻底澄清变做可接受的正确现象。

    这样，叙述的现象学就以法相唯识宗这样的一种知识为基础。这唯识从消极的方面来讲是指虚妄唯识的部分给去掉，然后找比较可靠的真实唯识性，就叫做因缘唯识。然后依据这种阶段，希望我们都能达到真实唯识的目的。然而在中国的法相唯识宗的系统里面，从弥勒讲到无著，从无著讲到世亲，从世亲讲到护法，从护法讲到戒贤，从戒贤讲到玄奖，从玄奖讲到窥基、慧沼、智周等这一系列所传下来的唯识宗，所讲的第八识，都是善恶纠缠在一起，以染净合住地在那个地方讲唯识，所以这始终是一个很困难而难以解决的问题。困难的原因在于，法相唯识宗还有另外的一套思想，并没有传到中国的本土，而是仅传到西藏。可是在中国本土所传述的唯识思想，大都是受到印度的护法、戒贤及玄奖、窥基等这一系列的权威人士的影响。因此他们所讲的唯识，无法讲到那种超脱解放的最后结果;所以方先生认为，大家只是根据“如来藏减识”的立场讲唯识，这是产生困惑的主要原因。因此方先生强调，应该从安慧大师的立场去寻求一条线索出来，也就是说讲唯识时绝不能仅滞留于唯识，而是要以超脱解放的立场，同时还要讲“唯智”。这样子一来在三性三无性的里面，唯有讲“唯智”，才能将“遍计所执性”及“依他起性”都化成“圆成实性”。这当然要靠智慧的作用才能达到，如果仅仅依靠意识的作用是不能达到的。因此，方先生认为，如果我们要在中国佛学的思想里面，要使法相唯识宗走入正途的话，那么就应该解除玄奖大师所没有解除的困惑。方先生认为，现代中国支那内学院的欧阳竟无先生早年还没有解除这些的困惑。等到欧阳竟无先生的学生吕微从藏文的系统里面，将安慧大师有关世亲大师的思想所解释的部分，给翻译出后，这时大家才晓得，仅仅唯识是不够的。所以一直到欧阳竟无先生晚年，他才正式提出还要讲“唯智”，不过因为这是他晚年才发觉到这一点，所以他并没有再继续发挥。