难民公墓是指埋葬在战争中受难的普通民众的公墓，在实际建设过程中，其一般被纳入市民公墓建设体系内。难民公墓分为两种，一种针对普通民众，一种针对抗战将士家属。随着日本侵略的扩大，以及经常使用轰炸手段，市民遇难数量急剧增加，而江北、南岸原本埋葬难民的地方己无处可葬，重庆空袭紧急救济联合办事处请重庆市政府及巴县江北两县政府指定公墓地方以备掩埋且便掩埋考察工作。重庆市政府决定将原本勘定的龙溪乡、人和乡、回龙乡三处作为公墓地点，也就是市民公墓的选定地点。
至于抗战将士家属公墓的设立，是由陪都辅助抗战军人家属委员会提出，考虑到帮助出征抗敌军人家属以减少前线战士后顾之忧、并协助推行役政，拟建设死亡出征抗敌军人家属公墓或公葬处以便于一般贫苦抗属之埋葬。这个政策的出发点是好的，是对将士及家属的人文关怀，但当时郊区并没有足够空地可以建设公墓，因此并没有建立专门的征属公墓。这部分人的安葬在之后纳入政府对死亡难民的管理中，由市征属优待会专门负责。
综上，这个时期重庆地区的公墓类型以市民公墓为重，其规模和数量也是最大的，后续的选址勘定和管理建设都是针对市民公墓而言。