虽然经过几十年的发展，中国公墓管理尚待改进的地方仍然很多，还存在许多差强人意的不足之处。比如，体制上政企不分，编制与经费直接挂钩，监管缺位，行业垄断等等。为解决这些问题，中国对公墓行业进行过数次清理整顿工作，以防事态扩大引发社会不稳定。
1995年民政部和国家土地管理局联合发布了《关于清理整顿非法经营性公墓的通知》，其中重点整治为牟取暴利违规擅自兴建经营性公墓的行为，要求贯彻国家对经营性公墓“统筹规划，从严控制”的精神，保证公墓建设的健康发展。对确认的非法经营性公墓予以取缔、退还土地。同时还提出要建立健全经营性公墓报批制度和年检验收制度。
1998年国务院办公厅转发了《民政部关于进一步加强公墓管理意见的通知》，要求各省、自治区、直辖市人民政府组织民政、公安、土地、工商等有关部门，集中一段时间按开展清理整顿公墓工作。清理整顿公墓的范围有以下三个方面:一是未经省、自治区、直辖市民政厅(局)批准兴建的公墓和未经民政部或国家计委批准立项的吸引外资(含香港、澳门、台湾)合资合作兴建的公墓(即非法公墓);二是虽经批准建立，但在公墓内修建封建迷信设施，搞违法营销活动或未经验收擅自经营的公墓单位;三是出售墓穴和骨灰存放格位，从事营利活动的公益性公墓。今后，火葬区原则上不再批准新的骨灰公墓，现有的公墓面积不得再扩大，大力推行少占或不占土地的骨灰处理方法;土葬遗体公墓要严格按规划进行建设，严禁占用耕地。
2008年12月26日，民政部、国家发展改革委、公安部、国土资源部、环境保护部、住房城乡建设部、工商总局、国家林业局等八部委联合下发了《关于进一步规范和加强公墓建设管理的通知》。)，要求各省相关部门对辖区内现有的各类公墓进行集中清理整顿，取缔非法公墓，纠正违规建设公墓，清理公墓违规经营行为;对未经依法批准建设的公墓依法予以取缔，没收违法所得，责令恢复原状，可以并处罚款;对获得批准正在或将要建设的公墓，省级民政部门要对项目立项、土地、规划、环评等有关批准文件重新调查核实;对违反土地利用总体规划、城乡规划和省级民政部门公墓建设规划的，超过国家规定标准建设公墓的，要依法予以纠正或吊销公墓建设许可证，并追究有关责任人的责任。
截至2009年9月底，全国共清理整顿各类经营性公墓1403个，其中取缔非法公墓175个(占12.5%，纠正违规建设的公墓286个(占20.4%)，纠正超面积建造墓穴的公墓834个(占59.4% )，纠正有违规销售行为的公墓229个(占16.3% );全国共清理农村公益性墓地6.4万个，对其中1050个(占1.6%)有非法经营行为的公益性墓地进行了重点整治。