1、宗教事务管理法律、法规不够健全

    目前的宗教事务管理法规位阶低，没有专门的《宗教法》，主要是法规、规章和规范性文件，影响力和制约力不足。国家宗教事务局虽然也针对具体事务制定了一些条例与规定，但不系统完善，往往是就事论事，缺乏指导性，且相当数量的规定是以文件的形式下发民族宗教事务管理部门，社会知晓率低，信教群众往往接触不到、了解不到，也就难以发挥应有的效果。而各个地方宗教事务管理部门虽然也制定了一些相关规定，但法律位阶低，且更具有地方特色，也容易造成各地对同样问题处理不一，即执法不统一的现象出现。在基层宗教事务的管理中，事实上经常遇到一些法律规定模糊甚至缺失的问题，这时往往需要请示上级宗教事务管理部门，不仅延误时间，也容易引起群众的误解。

2、宗教事务管理力量较为薄弱

    虽然近年来宗教事务管理力量不断增强，但较之快速发展的宗教形势相比仍有差距。一是机构设置不一致，人员少、编制少。全市共有宗教事务管理人员24名，其中专职6名，兼职18名，对应全市2万名信教群众，每名工作人员需要管理服务近千人，任务繁重。按照法律规定，宗教行政执法必须由两个以上执法人员进行，但部分县区只有1名专职宗教事务管理人员，还有些宗教事务管理人员虽然有宗教执法证，但不具备行政编制，实际没有执法资格，为执法实践造成困难。二是宗教事务管理人员学习培训机会少。宗教事务管理的难点、重点在基层，大量事务也集中在市、县、乡，但由于宗教工作人员承担着大量的管理事务，又往往身兼数职，忙于日常工作，外出学习培训机会少，不能及时更新宗教知识与宗教事务管理方法。三是基层宗教事务管理网络有待增强，虽然建立了县、乡、村三级宗教工作管理网络，但基层的宗教工作力量不足，宗教目标责任制落实情况不佳，没有充分发挥其应有的作用。四是宗教事务管理工作合力有待增强。宗教事务管理涉及面广，宗教事务需要公安、国安、工商、城建、城管、文化、宣传多部门配合解决。但部门间配合的体制机制还不够完善，没有形成宗教事务管理的强大合力，致使部分宗教事务问题解决有一定困难。