日本的近代佛教学研究，从明治维新时代算起，已经有一百余年的历史。其研究方法主要有宗学的方法、文献学的方法与思想史的方法等。宗学的研究主要是日本佛教各宗派的僧侣学者对本宗历代祖师或宗派遵奉的经论的专门研究。因为大量宗派大学和研究机构的存在，研究者数量庞大，宗学的研究成果也蔚为大观。但因为宗学的宗派性格，决定了其研究视野相对狭窄，特别是研的出发点和目标都是弘扬特定的宗派信仰，所以有时很难保证学术研究的客观性。文献学的方法是19世纪日本学者从欧洲大陆引进的，在用文献学方法研究印度学和佛教学方面日本学者取得了举世公认的绩，涌现出南条文雄、高楠顺次郎、木村泰贤、宇井伯寿、平川彰、中村元等学术大师。但单纯文献学的方法因为缺少对研究对象的宏观的历史的把握，因而也有其局限性。在以上两种方法之外，还有思想史研究的方法体系。即通过对概念思想的相互联系和历史演变的分析，把握特定思想的内涵进而对其思想价值做出界定。在以上研究方法中，文献学的方法因为强调客观的真实性，即强调排除一切主观性因素，尽可能真实地再现研究对象的本来面目，所以又称为客观主义的研究方法，而思想史的研究需要主体的参与，即需要研究者从特定立场出发对研究材料进行解体、重组和再构成，从这个意义上说，这些研究方法可以说是主观主义的研究方法。当然这里的“主观主义”只是与以上的客观主义相对的意义上而言的，并不意味着主观任意性。

    批判佛教论者的研究出发点之一就是方法论上的追求。松本在其著作《缘起与空》的第一篇论文的开头.就其撰述意图开明宗义地说，“第一是为了对抗客观主义的学问论.所谓客观主义的学问论，即认为学问是客观的，对研究对象不需要做最终的价值判断”。这种客观主义的学间在文献学的研究中经常看到，即认为通过原始文本的正确解读就可以把握研究对象的终极真实。而宗学的研究实际上也有客观主义的倾向，即研究者相信有一种客观存在的佛陀的思想或祖师的思想，研究的目的就是试图还原或究明佛陀或本宗祖师的本意。宗学研究的这种强烈的信仰立场，反而使得宗学的研究缺乏对研究对象的客观的批判的分析，难以从思想史的客观性出发做出有价值的思想解释。