再者，关于住持。住持本应是一寺之首，所以其德行修养、学问等各方面都应该是寺院表率。明太祖曾对寺院选拔住持有过明文规定，寺院、道观等住持有缺，必须经过层层筛选最后报礼部批准才可上任，但这一规定到了晚明时期早己形同虚设。当时的住持正如圆澄所说只要世缘具足，至于是否有德行和才干则并不重要。

      除此之外，当时的丛林风气亦是十分颓败。慧能法师创立禅宗本意在于为普通大众打开成佛的大门，但是他提倡的不立文字、即心即佛的风气发展到晚明时期，开始走向另一个极端。至此，晚明的狂禅流弊已经发展到了一个顶峰。

    正是基于以上种种，晚明时期涌现出诸多大师对晚明佛教进行改革，晚明佛教开始了一次新的复兴。高僧辈出，寺院兴盛，同时到了万历年间，僧侣群体开始走出山林，一改往日与世隔绝的形象，开始与士大夫精英阶层开始交往。不仅如此，晚明时期僧侣融入主流文化之后，甚至可以说是引领了当时士大夫阶层的精神走向。

    晚明佛教也开始一改往日萎靡之像，著作繁多，据圣严法师统计来开，明末六十年时间出版的禅宗灯录甚至超过历史上任何一个时期，平均不到十四个月就会有一部了禅宗典籍问世。同时，晚明时期的佛教还出现了一种新的现象，即居士佛教开始兴盛。’根据清代学者彭际清编辑的《居士录》统计，书中三十七卷到五十三卷的所写都是明代居士，其中只有四人是万历年之前的。由此可见晚明时期居士人才之多。所以晚明佛教不仅僧侣人才辈出，而且居士人才之多也是前所未有的，正是因为这样，所以晚明才有了更进一步的发展。

    晚明佛教复兴主题也反映了当时社会文化发展的主题。晚明佛教复兴主要有两大主题，一是对社会现实的关注，另一个就是各方文化的融合。所谓对现实的关注更多地体现在佛教界对社会世俗敏感度的加强，即入世化倾向增强。一方面，针对当时社会历史现实，高僧以慈悲为怀，投入社会现实之中，成就一番事业;另一方面，当时佛教界推动了儒佛的融合，促进了佛教发展。此外，晚明佛教还积极开始融合发展，之随其中除了佛教内部各个宗派之间的融合之外还包括儒佛道三教的融合。:释圣严法师在他的著作《明末佛教研究》中就明确指出晚明佛教的有着其不可替认的历史作用。他指出晚明佛教，在近代佛教思想史上，有着十分重要的地位。最主要是的它起了一个承上启下的作用，上承宋元，下启清民。一由原先的宗派林立，从而开始了全面统一。不仅在佛教内部主张“性相融会”、“禅教合一”。对儒道二教，也是采取容纳吸收的态度。提出之前诸派所传的佛教都具有同源性，后来渐渐分出了大小、性相、显密、禅净等各门各派。晚明时期的佛学大师，敞开胸襟，容受一切佛法，顺应时代潮流的要求彼此容忍，相互尊重。所以晚明时期诸位佛学大师在这一方面做出的努力，有着很强的先驱性。圣严法师对于晚明佛教地位的评价可以说是符合历史，是十分恰当的。

    从中国佛教历史发展的进程来看，晚明佛教的从林特色是禅净两宗独盛，从林高僧中很多都是禅净双修的倡导者和实践者;宗教融合思想极为普遍而且有着成熟的理论诊释;佛教经典普及佛教理论的普及都更为成熟;佛教开始表达社会关怀与现实批判取向等等。